Insurrection de Wau

L'insurrection de Wau était une série d'affrontements armés dans l'état de Wau au Soudan du Sud de fin juin 2016 à janvier 2019, entre l'Armée populaire de libération du Soudan (APLS) dominée par les dinkas et combattant pour le président sud-soudanais Salva Kiir et des forces d'opposition locales, composées de milices tribales fertites et luos ainsi que de combattants prétendant allégeance à Riek Machar.

On ne sait pas dans quelle mesure ces rebelles fraisent réellement partie du Mouvement de libération du peuple soudanais en opposition (MPLS-EO) ou agissent indépendamment en utilisant le nom du MPLS-EO, mais les affrontements ont entraîné l'arrestation du gouverneur de l'état, Elias Waya Nyipuoc, des morts et des destructions généralisées dans la capitale de l'état, la ville de Wau, ainsi que le déplacement de jusqu'à 150 000 personnes.

Contexte
En 2015, le gouvernement sud-soudanais et le MPLS-EO ont signé un accord de paix  pour tenter de mettre fin à la guerre civile, mais les deux parties ont cependant utilisé les concessions de l'accord à leur avantage, et l'accord s'est progressivement effondré. L'état de Wau était une zone touchée par l'accord, donc le MPLS-EO a mobilisé des forces à Wau, puis a exigé que ces rebelles se voient accorder des zones de cantonnement et soient inclus dans les dispositions de sécurité de l'accord mais ce fut refusé pour le général Paul Malong Awan, chef d'état-major de l'APLS, qui a répondu en mobilisant des éléments de l'armée loyale tels que les unités de Mathiang Anyoor, une milice pro-gouvernementale, et a ensuite contourné la chaîne de commandement officielle et a ordonné à des troupes de l'APLS d'écraser l'opposition par la force, même si l'accord de paix était toujours en vigueur. Cela a entraîné des tensions ethniques croissantes dans l'état de Wau à partir de début décembre 2015 car les soldats de l'APLS déployés dans la région pour des opérations de contre-insurrection appartenaient principalement à des tribus du nord du Bahr el Ghazal et de Warrap, tandis que les combattants locaux du MPLS-EO ont intensifié leurs opérations.

Le 2 décembre, le MPLS-EO aurait attaqué des unités gouvernementales à Busseri et Firka, obligeant l'APLS à envoyer des renforts dans ces zones, qui ont été à leur tour prises en embuscade et vaincues par les rebelles, puis trois jours plus tard, des affrontements entre les rebelles et les combattants du gouvernement ont éclaté autour de Bisellia, Bazia, Faraj Allah, Bringi, Mapel et un avant-poste près de la rivière Bo. Au milieu des combats, il a été rapporté que des forces aériennes appartenant à la force de défense du peuple ougandais et à la force aérienne du Soudan du Sud ont mené des attaques aériennes contre des cibles rebelles et civiles à l'aide d'hélicoptères d'attaque. Les Nations Unies a donc critiqué l'APLS pour avoir violé le cessez-le-feu national en menant des opérations offensives, et en même temps, Human Rights Watch a signalé que les soldats gouvernementaux nouvellement déployés, principalement des dinkas, ont commencé à maltraiter la population locale fertite, forçant des dizaines de milliers de personnes à fuir Wau. De nombreux civils ont été arrêtés puis assassinés en tant que prétendus partisans du MPLS-EO et le gouverneur Nyipuoc a admis qu'au 30 mai 2016, il était confirmé qu'au moins 100 civils avaient été assassinés par des soldats de l'APLS et avait signalé les cas au gouvernement, cependant étant incapable de les arrêter, il a déclaré que les soldats avaient probablement maltraité la population locale parce que le gouvernement ne les avait pas payés ni nourris, donc cela les aurait amenés à voler ce dont ils avaient besoin. Nyipuoc a fait valoir que ce comportement était à prévoir lorsque le gouvernement a négligé ses forces militaires et la direction de l'APLS, quant à elle, a nié que des abus de la part des soldats de l'APLS aient eu lieu à Wau.

En plus de la violence de l'APLS contre les civils, aucun progrès n'a été fait dans les tentatives d'imposer le cessez-le-feu entre l'APLS et les groupes locaux du MPLS-EO car le gouvernement a nié que le MPLS-EO était présent dans le Bahr el Ghazal, région à laquelle appartient l'état de Wau. En conséquence, aucun accord pour les zones de cantonnement du MPLS-EO dans l'état de Wau n'a été conclu et le 9 avril, le commandement de l'APLS a même annoncé qu'il lancerait une offensive dans le Bahr el Ghazal et l'Équatoria pour détruire toutes les unités du MPLS-EO dans ces régions, en même temps, les soldats de l'APLS ont été accusés par l'opposition d'intensifier leurs exactions contre les civils fertits, alors qu'ils auraient collaboré avec des militants dinkas locaux et des éleveurs de bétail armés dans leurs attaques. La violence à Wau a encore augmenté en juin alors que les fertits ont commencés à riposter en assassinant des soldats, des policiers et des dinkas, mais cela a à son tour provoqué des meurtres de vengeance par les dinkas et l'APLS contre des fertits. En outre, l'insécurité dans l'état a considérablement augmenté, car les unités locales du MPLS-EO et de l'APLS ont ignoré le cessez-le-feu et se sont affrontées à plusieurs reprises à Bagari et Angu Angu, puis au moins 8 soldats de l'APLS ont été tués tandis que la ville de Raga dans l'état voisin de Lol a été envahie par les rebelles pendant une courte période, entraînant la mort de plusieurs gardes du corps du gouverneur local.

Bataille de Wau
Le 23 juin, une bataille plus importante au sud de la capitale de l'état, la ville de Wau, a éclaté entre l'APLS et le MPLS-EO, ce dernier prétendant se battre afin de protéger la population locale fertite contre les attaques de l'APLS dominée par les dinkas, donc en raison de l'augmentation de la violence, l'état d'urgence a été déclaré dans la ville de Wau et la 5ème division de l'APLS est intervenue, officiellement pour empêcher une nouvelle escalade de la violence. Ces forces étaient sous le commandement du lieutenant-général Gabriel Jok Riak, qui avait été accusé de violations des droits humains par les Nations Unies pendant la guerre civile, et Nyipuoc a d'abord affirmé soutenir la déclaration d'urgence, cependant, des groupes d'opposition ont affirmé que l'armée avait rapidement commencé à piller la capitale de l'état et à agresser la population civile, ce qui a conduit le gouverneur Nyipuoc à critiquer les soldats. Le 24 juin 2016, Kiir a limogé de façon inattendue Nyipuoc, et quelques heures plus tard, il l'a fait arrêter, un commandant local de l'APLS déclarant que Nyipuoc avait été arrêté parce qu'il était responsable de la détérioration de la situation dans l'état, affirmant qu'il n'avait aucun respect pour l'armée et qu'il racontait des histoires. Quelques jours plus tard, un document a commencé à circuler sur Internet affirmant que le lieutenant-général Mangar Buong Aluenge de l'APLS avait comploté dès le début pour expulser et arrêter Nyipuoc, tandis que la société pour les peuples menacés pensait que ses critiques de l'armée avaient conduit à son arrestation

À la suite du limogeage de Nyipuoc, la situation s'est complètement détériorée, lorsqu'une violente bataille a éclaté dans la ville de Wau dans la soirée du 24 juin quand de jeunes militants dinkas en tenues et uniformes civils sont entrés dans les quartiers sud-ouest de Wau, où ils ont assassiné et violé des civils fertits. Selon des sources indépendantes et de l'opposition, alors que les soldats de l'armée et les milices dinkas intensifiaient leurs attaques contre la population fertite de la ville, de nombreux habitants ont pris les armes et ont commencé à combattre les forces pro-gouvernementales, et ils étaient soutenus par des jeunes fertits armés de la campagne, qui sont également venus dans la ville de Wau pour se venger des dinkas. Le MPLS-EO a affirmé que ses forces étaient restées en dehors de la ville de Wau, mais a attaqué des soldats de l'APLS pour protéger les civils fertits dans la périphérie sud de la ville. Les massacres se sont poursuivis toute la nuit, mais à la fin du 25 juin, l'APLS a affirmé avoir sécurisé la ville et a commencé à chercher des insurgés cachés, donc l'armée a imposé un couvre-feu dans la ville le lendemain, et, selon les civils locaux, en collaboration avec les combattants de la tribu dinkas, ils ont de nouveau commencé à tuer, violer et voler les civils locaux fertits. Ceux-ci ont commencé à fuir en masse vers la base voisine de la mission des Nations Unies et les églises locales pour se protéger tandis que d'autres se sont enfuis vers des zones tenues par des milices fertites alignées sur le MPLS-EO telles que les lions fertits. Les forces gouvernementales, cependant, ont maintenu que toute la bataille était le résultat de l'invasion de la ville par des combattants tribaux, après quoi des civils avides se sont immédiatement lancés dans une vague de pillages, selon eux en conséquence, l'armée s'était juste défendue et ne s'était pas attaquée aux civils, bien que le porte-parole de l'armée, Lul Rurai Koang, ait déclaré qu'il était possible que des soldats individuels aient participé au pillage.

Le 28 juin, la ville de Wau a de nouveau été attaquée par une importante force d'insurgés, qui aurait entre 350 et 700 combattants, des sources indépendantes et de l'opposition affirment que les assaillants appartenaient à une milice tribale pro-fertite, liée au MPLS-EO, tandis que le gouvernement a déclaré qu'ils faisaient partie du Mouvement islamique de libération du Raja. Ce groupe voulait établir un état islamique dans la région, mais comprenait également des membres de l'Armée de résistance du Seigneur, un groupe chrétien, a affirmé le porte-parole du gouvernement Michael Makuei Lueth, qui a accusé le Soudan de les soutenir. L'assaut a finalement été repoussé et par la suite, des hommes armés dinkas ont recommencé à piller la ville et à exécuter tous ceux qui s'opposaient à eux. Alors que le gouvernement prétendait que les pillards étaient des criminels sans lien de parenté, les habitants pensaient qu'ils étaient des soldats de l'APLS car ils portaient des uniformes et la mission des Nations Unies a également déclaré qu'un effondrement total de l'ordre public avait eu lieu à Wau. Au moins 30 personnes ont été tuées alors qu'elles tentaient de protéger les biens des civils qui avaient fui leurs maisons, et une fois les assaillants chassés, le maire pro-gouvernemental de la ville de Wau a rapidement déclaré que la ville était à nouveau sûre, mais la plupart des habitants ont refusé de rentrer chez eux.

Pendant ce temps, la direction officielle du MPLS-EO a tenté de prendre ses distances avec le soulèvement local, car on estime que les combats dans l'état ont fait plus de 400 morts parmi les civils et jusqu'à 120 000 déplacés, parmi eux, 12 000 avaient cherché refuge dans la base locale de la mission des Nations Unies. Le 2 juillet, le nouveau gouverneur de Wau, Andrea Mayan Achor, a déclaré que la situation dans la capitale de l'état s'était stabilisée, les gens pouvant rentrer chez eux et un comité de haut niveau avait été formé pour enquêter sur les affrontements, et le couvre-feu a été levé. The Guardian, cependant, a rapporté qu'au 5 juillet, seuls les quartiers dominés par les dinkas de la ville de Wau étaient animés car des camionnettes montées avec des mitrailleuses et pleins de soldats transportant des AK-47, principalement des dinkas, patrouillaient dans la région et que les parties sud et ouest de la ville, qui abritent les fertits, ont été désertées après que les gens aient afflué vers les églises et la base des Nations Unies pour se protéger. Le 7 juillet, une autre bataille a éclaté dans la ville de Wau, entraînant à nouveau un exode massif de civils et à ce moment-là, on estimait que 150 000 personnes avaient fui la ville de Wau, la laissant pour la plupart déserte. Le paludisme s'était déclaré parmi les réfugiés, dont la plupart ont été contraints de vivre dans la brousse, mais les forces gouvernementales et rebelles se sont mutuellement reprochées la reprise des combats. Le général de division du MPLS-EO Ashhab Khamis Fahal a déclaré "Le gouvernement ne pensent pas que d'autres personnes ont des droits dans ce pays. Nous avons tous travaillé ensemble pour apporter l'indépendance du pays. Mais ils se sont retournés contre le reste de le peuple. Ils pensent qu'ils sont nés pour gouverner. Nous n'accepterons pas cela". Trois jours plus tard, des affrontements sporadiques et à petite échelle ont éclaté entre les unités de l'APLS dans la ville de Wau.

Combats dans la campagne
Le 12 juillet, les forces gouvernementales auraient lancé une offensive contre les positions du MPLS-EO dans tout l'état de Wau, principalement à Angu Angu, Brenji, Faraj Allah, Bazia et Taban tandis que de violents combats ont également eu lieu dans les environs directs au sud de la capitale de l'état, et alors que les habitants ainsi que les commandants locaux de l'APLS ont confirmé les affrontements, le porte-parole de l'armée, Koang, a nié qu'une action militaire ait eu lieu. Le MPLS-EO a affirmé qu'ils avaient tenté d'évacuer les civils alors qu'ils avaient été attaqués mais la 5ème division de l'APLS a accusé les rebelles d'avoir attaqué la ville de Wau, et de plus, l'APLS a déclaré qu'elle avait déplacé la plupart de ses forces de la capitale de l'état vers des positions défensives à Lokoloko et Djebel Rabi. Après de violents combats tout au long du 12 juillet, le MPLS-EO a été contraint de se retirer d'Angu Angu, Brenji et Taban, accusant l'APLS d'avoir arrêté 25 civils sur ces sites et de les avoir emmenés dans la ville de Wau. Achor a annoncé le 20 juillet qu'il prévoyait d'engager un dialogue avec les groupes d'opposition armés qui se battent toujours contre l'APLS dans l'état de Wau, de tels pourparlers de paix, cependant, dépendraient de l'approbation de Kiir. Le 23 juillet, deux soldats de l'APLS ont été exécutés par un peloton d'exécution pour le meurtre d'un couple dans la ville de Wau, et l'exécution était censée servir d'avertissement aux soldats de l'APLS qui avaient l'habitude de violer le règlement militaire, c'est aussi ce qui a été dit au peuple du Soudan du Sud que tout soldat trouvé en train de commettre un crime contre des civils doit être traité, a déclaré un juge local.

Le 27 juillet, le MPLS-EO a capturé le comté de Ngo Baggari au gouvernement après de violents affrontements, les rebelles affirmant avoir capturé le commissaire local du comté, Anthony Fada Taban, bien qu'il y avait aussi des spéculations selon lesquelles Taban aurait pu rejoindre le MPLS-EO. Achor a admis que l'APLS avait effectivement abandonné le comté de Ngo Baggari au MPLS-EO, mais a déclaré que la retraite était volontaire et qu'aucun affrontement n'avait eu lieu, et de plus, il a nié que le commissaire du comté avait été capturé. Le succès du MPLS-EO à Ngo Baggari s'explique par le fait que de nombreux habitants, qui étaient d'anciens soldats, avaient été maltraités par le gouvernement et avaient ensuite rejoint les rebelles, et le commandant du MPLS-EO, Fahal, a affirmé que 1 725 soldats de la l'APLS leur avaient rejoint. Pendant ce temps, un représentant du parti du front démocratique uni a accusé des unités de l'APLS dans l'état de Wau d'ignorer le cessez-le-feu et d'attaquer les groupes d'opposition locaux, provoquant ainsi l'insécurité et le chaos dans l'état, et il a également déclaré que, comme les soldats de l'APLS ne recevaient leurs ordres que du gouvernement central de Djouba, le gouverneur était mis à l'écart et, par conséquent, incapable de contrôler l'armée.

Le 3 août, Taban a refait surface, annonçant qu'il avait en fait fait défection aux côtés des rebelles, citant comme raison les mauvais traitements infligés aux civils par le gouvernement et dans le même temps, les bureau de la coordination des affaires humanitaires des Nations Unies a critiqué l'armée gouvernementale pour avoir entravé les agences d'aide humanitaire qui tentaient d'entrer dans la ville de Wau. Le 6 août, des pourparlers de paix entre l'opposition locale et le gouverneur ont eu lieu, bien que la situation dans l'état soit restée instable, des civils ayant été déplacés ou illégalement arrêtés par des soldats de l'APLS. Achor a tenté d'apaiser les tensions en négociant la libération de cinquante prisonniers en octobre et en incluant les autorités religieuses locales dans les pourparlers de paix tandis que de l'autre côté, l'APLS préparait une nouvelle offensive contre les rebelles de Wau. Au 10 août, la poursuite des combats avait rendu la route Djouba-Yambio-Wau trop peu sûre pour le transport de marchandises, entraînant des pénuries alimentaires dans la ville de Wau.

Le 21 août, Kiir a finalement approuvé les pourparlers de paix du gouverneur avec les rebelles de l'état de Wau, tandis qu'Achor a également conclu un accord avec le service de police du Soudan du Sud pour déployer des policiers dans la ville de Wau afin d'améliorer la sécurité locale. Entre le 9 et le 11 septembre, des affrontements ont de nouveau éclaté à l'ouest de la ville de Wau, le MPLS-EO affirmant que les pourparlers de paix avaient échoué et que les forces gouvernementales avaient lancé une attaque majeure contre leurs positions. Les rebelles ont également déclaré que l'attaque avait été repoussée, bien que cela n'ait pas pu être confirmé de manière indépendante, et le 17 septembre, des affrontements ont eu lieu à Bazia et Busseri, mais malgré la reprise des violences, Achor a déclaré le 19 septembre qu'il avait formé un comité pour mener des négociations directes avec les rebelles. À peine trois jours plus tard, l'APLS et les milices alliées ont lancé une autre attaque contre les positions du MPLS-EO, ce qui a conduit à de violents combats autour de la ville de Wau, Baggari, Bringi, Busseri et Bazia qui ont duré jusqu'au 25 septembre, et en même temps, Kiir a finalement approuvé la création de sites de cantonnement pour les forces du MPLS-EO dans la région du Bahr el Ghazal après avoir longtemps rejeté cette décision. Ces sites de cantonnement, cependant, n'étaient destinés qu'aux combattants du MPLS-EO fidèles à Taban Deng Gai, le nouveau vice-président du Soudan du Sud tandis que les partisans de Machar étaient qualifiés de fauteurs de troubles qui seraient écrasés par le gouvernement. Le 17 octobre, le MPLS-EO et des citoyens locaux ont accusé l'APLS d'avoir volé et tué neuf civils à Wau bien qu'à ce stade, les combats avaient pour la plupart diminué, au fur et à mesure que les pourparlers de paix progressaient.

En décembre 2016, cependant, les combats avaient repris, les rebelles ayant pris le contrôle de vastes zones dans la partie ouest de l'état, de plus de violents affrontements ont de nouveau éclaté dans la zone autour de Busseri, forçant de nombreux civils à fuir leurs maisons, le MPLS-EO affirmant avoir entièrement capturé Busseri. Même si le gouverneur a continué à exhorter les rebelles locaux à rejoindre la faction de Deng Gai et à mettre fin à leur insurrection, ses appels ont été rejetés par le porte-parole du MPLS-EO à Wau, Nicola Gabriel Adam. Adam a affirmé que Deng Gai faisait désormais partie du gouvernement qu'ils combattaient, tout en accusant l'armée d'être l'agresseur dans ce conflit, affirmant que l'APLS venait d'attaquer les forces du MPLS-EO près de Bringi. Le maire de Wau, quant à lui, a nié que des affrontements se produisaient toujours, affirmant que les habitants avaient toujours fui vers la ville de Wau en raison de pénuries alimentaires dans leur région d'origine.

À la mi-janvier 2017, environ 28 850 déplacés internes étaient hébergés dans la ville de Wau, incapables de rentrer chez eux en raison des combats en cours, et ke 20 janvier, de violents combats ont éclaté à Khor Natabu le long de la route Bringi-Wau, alors que des éleveurs dinkas alliés à l'APLS de l'état de Tonj attaquaient des agriculteurs luos locaux affiliés à l'opposition. L'attaque a été repoussée et le 25 janvier, les éleveurs de bétail se sont retirés à Tonj, néanmoins, les violences entre les agriculteurs luos de Wau et les dinkas de Tonj se sont poursuivies au cours des mois suivants, entraînant des affrontements qui ont fait des dizaines de morts et déplacé de nombreux autres. Toujours en janvier 2017, le lieutenant-colonel al-Fadil Meil ​​Issa, membre du mécanisme de surveillance du cessez-le-feu et des dispositions transitoires de sécurité à Wau, a été brutalement assassiné par des assaillants inconnus. Ayant servit d'officier de liaison du mécanisme de surveillance du cessez-le-feu et des dispositions transitoires de sécurité pour contacter les factions rebelles locales, Meil ​​Issa avait été fidèle à la faction MPLS-EO de Deng Gai. Lorsque le gouvernement a par conséquent arrêté quatre suspects, ils ont déclaré que Meil Issa avait été tué par les partisans de Machar et des affrontements ont eu lieu directement à l'ouest de la ville de Wau dans la nuit du 30 au 31 janvier lorsqu'une patrouille de l'APLS a rencontré par hasard un groupe de rebelles au cours desquels trois soldats du gouvernement ont été tués.

Le 9 mars 2017, un des principaux commandants du MPLS-EO dans l'état de Wau, le général Faiz Ismail Fatur, a annoncé qu'il faisait défection au Front du salut national (FSN), un groupe rebelle nouvellement formé. Ismail a imputé sa défection à la négligence de Machar envers les rebelles du Bahr el Ghazal occidental et aux problèmes au sein du MPLS-EO, car selon lui, le groupe manquait à la fois d'une vision appropriée et d'un leadership compétent, et souffrait d'un chaos organisationnel, affirmant que l'armée était réduite par des officiers sans affectation. Le 12 mars, les forces rebelles auraient lancé une attaque dans le comté de Kwarjina, dans l'est de l'état de Wau, obligeant l'armée à déployer davantage de forces dans la région afin de rétablir la sécurité, et pendant ce temps, la faction du MPLS-EO de Deng Gai a obtenu un poste de ministre dans le gouvernement de l'état de Wau dans le cadre d'un accord de partage du pouvoir. Des militants de l'opposition ont lancé une attaque majeure contre une base gouvernementale à Natabu, à l'ouest de la ville de Wau, le 24 mars 2017 et au cours des combats, 12 soldats ont été tués et sept blessés, tandis que les rebelles ont souffert deux morts et trois blessés.

Reprise gouvernementale de Baggari et massacre de Wau
Le gouvernement a commencé à intensifier ses opérations de contre-insurrection dans l'état de Wau début avril, déplaçant davantage de troupes, de chars et d'équipements dans la région. Le 4 avril, les forces renforcées de l'APLS ont lancé une offensive à grande échelle contre les positions du MPLS-EO dans les zones autour de Bisellia, Baggari, Bazia et Kuajiena, entraînant de violents combats. Le MPLS-EO a ensuite accusé la force aérienne du Soudan du Sud d'avoir utilisé des armes chimiques pour les bombarder lors de ces affrontements et le 5 avril, les rebelles ont lancé une contre-attaque contre Mapel, qui a abouti à une bataille au cours de laquelle des combattants du gouvernement ou de l'opposition ont abattu des dizaines de civils. Trois jours plus tard, les forces gouvernementales ont repris Baggari, qui était aux mains du MPLS-EO depuis neuf mois, après de violents combats avec les défenseurs rebelles, mais le lendemain, cependant, les rebelles ont tendu une embuscade à un convoi du gouvernement alors qu'il rentrait dans la ville de Wau et ont tué le brigadier général Peter Par Jiek et le colonel Abraham Bol Chut Dhuol, ainsi que douze de leurs gardes du corps.

Pour se venger de l'embuscade, des soldats de l'APLS et des miliciens dinkas pro-gouvernementaux appartenant à Mathiang Anyoor ont commencé à saccager la ville de Wau et les villages environnants, tuant et volant des non-dinkas. La mission des Nations Unies a déclaré qu'au moins 16 civils ont été tués et 10 blessés, tandis que des sources locales ont signalé 31 tués et 9 blessés, le MPLS-EO et les médias pro-opposition ont affirmé qu'environ 50 civils avaient été assassinés. Les habitants ont déclaré que les personnes ciblées par les combattants pro-gouvernementaux appartenaient pour la plupart aux groupes ethniques fertit, luo, jur nodo, balanda boor, que les assaillants pensaient soutenir les rebelles. En raison de la reprise des violences, 8 000 habitants supplémentaires ont été déplacés, tandis que 4 000 civils ont fui vers le site de police des Nations Unies dans la ville de Wau et 3 800 ont cherché refuge dans la cathédrale catholique. Le gouvernement du Mouvement de libération du peuple soudanais (MPLS), le MPLS-EO, et le Mouvement démocratique national, une autre faction rebelle) ont tous condamné le massacre de Wau, le gouvernement ordonnant l'arrestation des auteurs.

Le 12 avril, le MPLS-EO a affirmé avoir repris Baggari et repoussé les attaques de l'APLS contre leurs autres bastions, bien que cela ait été fortement contesté par le gouvernement, et alors que la situation dans l'état de Wau et dans d'autres régions du Bahr el Ghazal occidental s'aggravait, le chef d'état-major de l'APLS, Awan, a reçu l'ordre de prendre le commandement des opérations dans la région vers le 15 avril, bien que Kiir l'ait renvoyé début mai. Pendant ce temps, le nombre de civils qui s'étaient réfugiés dans la cathédrale catholique de la ville de Wau est passé à 18 000 et en juin 2017, le gouvernement de l'état de Wau a organisé des pourparlers de paix entre des représentants des tribus luos de Wau et des tribus dinkas de Tonj dans le but de mettre fin à la violence entre les deux groupes, et pendant ce temps, les citoyens de Wau se sont plaints que l'insécurité régnait toujours dans l'état, les soldats du gouvernement volant régulièrement les civils.

Nouveaux conflits tribaux et famine
En juillet et août 2017, la faction du MPLS-EO de Deng Gai a annoncé que 7 000 combattants rebelles dans l'état de Wau avaient fait défection de la faction de Machar aux forces pro-gouvernementales, mais cette affirmation n'a pas pu être vérifiée de manière indépendante et a été rejetée par l'opposition car seuls environ 150 rebelles, dirigés par les lieutenants-colonels Santino Akot Majok et Salva Ujok Achor, ont été confirmés s'être rendus. Les combats dans la campagne se sont poursuivis, tandis que les conflits ethniques se sont étendus au nord de l'état, où des miliciens tribaux de l'état de Gogrial ont détruit un village. Le 3 août, le commandant des opérations des forces gouvernementales nouvellement nommé à Wau, Mathok Akec, est décédé d'une intoxication alimentaire, bien que cela ait été contesté par un médecin local, selon qui le volvulus du côlon sigmoïde était la cause réelle du décès. En raison de sa divergence avec le compte rendu officiel de l'armée, le médecin en question a par la suite été arrêté, bien que les autorités civiles aient tenté de le faire libérer.

Pendant ce temps, la famine s'est propagée dans la campagne de l'état de Wau, entraînant la famine et davantage de réfugiés fuyant vers la ville de Wau, dont la population déplacée était passée à environ 52 000 en juillet. Les raisons de l'aggravation de la famine dans les campagnes, en particulier dans le comté de Bisselia, sont contestées, alors que le gouvernement soutenait que la situation sécuritaire dans l'état de Wau s'était améliorée et accusait le manque de soutien humanitaire, l'opposition a fait valoir que la famine faisait partie d'une stratégie gouvernementale délibérée visant à affamer les dissidents des comtés de Baggari, Bisselia, Kpaile, Kawajina et Udici en effrayant les agriculteurs et en entravant le travail des organisations non gouvernementales.

Selon le commissaire pro-gouvernemental du comté de Bisselia, Francis Ibrahim, Kiir avait fait don de 3 400 sacs de sorgho aux réfugiés de la ville de Wau, alors que la population de Bisselia n'avait toujours pas reçu d'aide des autorités centrales au 22 août. La situation alimentaire à Bisselia s'est améliorée en septembre, car les agriculteurs ont pu récolter leurs récoltes dans d'autres parties de la campagne, cependant, la famine s'est poursuivie sans relâche. Environ 150 personnes ont fui de Bazia vers Agok près de la ville de Wau en raison du manque de nourriture dans leur région d'origine, néanmoins, les autorités des Nations Unies ont déclaré que la sécurité s'était nettement améliorée dans l'état de Wau, citant qu'environ 6 000 personnes déplacées étaient rentrées de la ville de Wau dans leur région d'origine, mais qu'environ 32 500 réfugiés résidaient toujours dans des camps.

Pendant ce temps, le conflit entre les combattants tribaux du nord de Wau, du sud de Gogrial et de l'ouest de Tonj s'est poursuivi, alors que plusieurs villages ont été attaqués et que les forces tribales se sont affrontées avec les soldats du gouvernement. Le gouverneur de Wau, Achor, a accusé d'anciens représentants de l'état d'inciter les milices tribales, mais le 15 septembre, Kiir a limogé Achor et d'autres responsables de l'état de Wau sans fournir de motif et a par la suite nommé Angelo Taban Biajo nouveau gouverneur de l'état de Wau. Achor a déclaré que son renvoi était une procédure gouvernementale normale, et a demandé aux citoyens de l'état de soutenir son successeur tandis qu'en réponse à la violence tribale dans le nord de l'état, le gouvernement a lancé une initiative de collecte d'armes à feu auprès de la population civile en août, collectant plus de 500 armes début décembre. Malgré cela, les raids armés de bétail et les affrontements tribaux se sont poursuivis le long de la frontière en 2018, avec au moins 25 personnes tuées en février et mars de la même année dans la région de Kwarjiena.

Dans une tentative continue de mettre fin à l'insurrection, le chef d'état-major général de l'APLS James Ajonga Mawut a ordonné la libération de neuf prisonniers de guerre qui avaient servi comme officiers des forces rebelles de Machar en novembre 2017, Biajo exhortant les officiers libérés à encourager les combattants rebelles actifs dans l'état de Wau à se rendre. En décembre, une route importante entre Wau et Tumbura pouvait être rouverte en raison de l'amélioration de la situation sécuritaire, tandis que l'armée aurait préparé une nouvelle offensive contre les forces rebelles dans l'état de Wau.

Rébellion de Paul Malong Awan et cessez-le-feu
En janvier 2018, il a été découvert que l'ancien chef d'état-major de l'APLS, Awan, avait planifié sa propre rébellion contre le gouvernement et avait commencé à organiser une attaque d'associés contre l'aéroport de Wau. Le complot a échoué et des membres de la 5ème division soupçonnés d'être alliés à Awan ont été arrêtés, tandis que le reste de la division est resté vigilant en cas d'autres incidents possibles. Biajo a par la suite déclaré qu'il n'y avait plus de risques pour la sécurité à Wau, et bien qu'il ait initialement nié son implication dans tout plan d'attaque de Wau, Awan s'est ensuite ouvertement rebellé et a formé un nouveau groupe d'insurgés, le Front uni du Soudan du Sud (FUSS). Dans les mois suivants, plusieurs officiers de la 5ème division rejoignirent l'insurrection contre le gouvernement, l'un d'eux, le capitaine Baak Bol Baak, était un partisan présumé d'Awan et s'est échappé avec des troupes de Wau pour rejoindre les rebelles de l'Armée patriotique du Soudan du Sud (APSS) dans le Bahr el Ghazal du Nord en février 2018. Un autre, Stephen Buay Rolnyang, était l'ancien commandant en chef de la 5ème division et s'est rebellé à Mayom en mai 2018, et le général de division Keer Kiir Keer a été nommé nouveau chef de la 5ème division de l'APLS.

Pendant ce temps, la situation sécuritaire dans l'état de Wau s'est améliorée, de sorte qu'environ 14 000 personnes déplacées sont rentrées chez elles entre janvier et juin 2018, néanmoins, environ 30 000 sont restés dans les camps de réfugiés. Une grande partie de l'ouest de l'état de Wau est restée aux mains des rebelles et la situation politique y est restée tendue, des zones comme la grande sous-région de Baggari étaient pour la plupart coupées de l'aide humanitaire et étaient donc menacées par la famine. Le groupe de surveillance du mécanisme de surveillance du cessez-le-feu et des dispositions transitoires de sécurité basé à Djouba a également accusé un groupe du MPLS-EO qui opérait au nord-ouest de la ville de Wau d'avoir recruté des enfants soldats, le MPLS-EO a par conséquent déclaré que cette faction comme des voyous.

En juin 2018, les combats auraient repris entre les forces gouvernementales et rebelles, les rebelles du MPLS-EO affirmant que l'APLS avait commencé à les attaquer à Ngo-Baggari, et selon Human Rights Watch, la 5ème division de l'APLS dirigée par le général de division Keer a lancé un assaut contre les zones tenues par les rebelles au sud et au sud-ouest de Wau ainsi que la ville de Wad Alel à partir du 12 juin, probablement pour regagner du territoire avant qu'un accord de cessez-le-feu puisse entrer en vigueur. Wad Alel, un village dominée par les luos, a été capturée et en grande partie détruite par l'APLS, bien que les rebelles aient continué à maintenir une présence clandestine dans la ville, et l'armée aurait envahi les positions rebelles à Baggari, Bisellia et Engo halima le 23 juin, bien que les rebelles aient réussi à regagner ces zones au cours d'une contre-attaque le lendemain. Le 25 juin, les insurgés du MPLS-EO ont affirmé que l'APLS et les miliciens alliés du Mouvement pour la justice et l'égalité (MJE) avaient tenté de leur prendre Omboro, bien que l'attaque aurait été repoussée, mais le gouvernement a nié ces accusations, et un porte-parole de l'armée a déclaré qu'il n'y avait pas de combat parce que les pourparlers de paix étaient en cours. Alors qu'un cessez-le-feu à l'échelle du pays était censé entrer en vigueur le 30 juin, l'APLS aurait attaqué la base rebelle de Mboro dans l'état de Wau ce jour-là bien que le gouvernement ait rejeté ces accusations, déclarant que Mboro était sous son contrôle depuis 2016. Un porte-parole rebelle a déclaré à propos des prétendus affrontements dans l'état de Wau qu'il était possible que Kiir ne contrôlait pas ses forces ou qu'il ne veuille pas la paix à l'avenir.

L'offensive de l'APLS s'est poursuivie sans relâche au cours des mois suivants, entraînant des affrontements à Baggari, Bringi, Basselia, Mboro, Farajalla, Ngisa, Ngo Dakalla, Wad Alel et le long de la rivière Jur, au cours desquels des dizaines de milliers de civils ont de nouveau été déplacés et des abus généralisés ont été signalés de la part des deux parties. Mboro a été capturé par l'APLS après une bataille qui a duré du 24 au 30 juin, après quoi une grande partie de la communauté a été détruite, mais les rebelles du MPLS-EO ont repris Wad Alel en juillet, recrutant de force des locaux et pillant le village avant de battre en retraite. Selon des témoins, les forces de sécurité ont arrêté des hommes locaux appartenant à des minorités ethniques présumées insurgées, pendant l'offensive, et les détenus ont été transportés dans des installations à Grinti et Djebel Akhdar, et torturés avant d'être libérés. L'offensive de l'APLS a pris fin fin août 2018 et en septembre 2018, le gouvernement sud-soudanais et la faction MPLS-EO de Machar ont signé un accord de paix, entraînant la cessation progressive des hostilités entre les deux parties. Les combats dans l'état de Wau ont d'abord continué malgré l'accord, mais les rebelles du MPLS-EO de l'état de Wau ont accepté un cessez-le-feu le 31 janvier 2019, mettant officiellement fin à leur insurrection. Le général de brigade Peter Ngoli, chef des opérations du MPLS-EO dans la région de Besselia, et le commandant de l'APLS Joshua Konyi ont signalé que leurs forces étaient prêtes à adhérer à l'accord de paix.

Conséquences
Après la fin des affrontements, la situation sécuritaire dans l'état de Wau s'est améliorée et les relations entre les soldats et les civils se sont également améliorées. Les efforts de confiance déployés par les organisations non gouvernementales Saferworld et l'Organisation de l'autonomisation de la communauté pour le progrès ont contribué à générer une nouvelle confiance, les enfants soldats ont été démobilisés et l'armée a encouragé les troupes à se comporter correctement. En même temps, les habitants ont exhorté le gouvernement à payer ses soldats afin qu'ils ne soient pas obligés de voler pour nourrir leurs familles. Kiir a prononcé un discours à Wau le 5 mars, demandant pardon au peuple pour les erreurs de son gouvernement et il a exhorté les habitants à s'abstenir de nouvelles violences et attaques de vengeance. Il a également déclaré que le gouvernement essaierait d'améliorer les routes locales et d'apaiser les tensions entre les agriculteurs et les nomades dans l'état de Wau.

À ce stade, la plupart des réfugiés de la ville de Wau étaient rentrés chez eux, et conformément à l'accord de paix, les forces loyales à Machar ont commencé à se déplacer vers des points de rassemblement convenus dans l'état de Wau à partir du 22 mai 2019, lorsque le premier bataillon rebelle est arrivé à Busseri. Fin 2019, un nombre important de soldats de l'APLS stationnés autour de Wau appartenaient aux unités de Mathiang Anyoor, car en tant que dinkas non indigènes, ils avaient peu d'options pour faire défection ou déserter, et étaient donc considérés comme loyaux envers le gouvernement.

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